علت ایجاد بیماری مالتیپل اسكلروزیس هنوز شناخته نشده است. این بیماری، نوعی بیماری خود ایمنی در نظر گرفته می‌شود كه در طی آن دستگاه ایمنی بدن به بافت‌های خودی حمله می‌كند. در بیماری ام اس، این اختلال در دستگاه ایمنی موجب تخریب غلاف میلین (ماده‌ی چربی كه از بافت عصبی مغز و نخاع حفاظت می‌كند) می‌شود.
میلین را می‌توان به روكش روی سیم‌های برق شبیه دانست. زمانی كه غلاف میلین تخریب‌شده و بافت عصبی بدون محافظ رها می‌شود، پیامی كه از آن عبور می‌كند ممكن است كند شده و یا متوقف گردد. همچنین ممكن است خود عصب نیز آسیب ببیند.
مشخص نیست كه چرا بیماری‌ام اس در برخی از افراد ایجادشده و برخی دیگر به این بیماری مبتلا نمی‌شوند ولی به نظر می‌رسد كه تركیبی از عوامل ژنتیكی و محیطی در این امر دخیل‌اند.تاكنون دلیل پیدایش این بیماری مشخص نشده است ولی بنظر می رسد كه بروز این بیماری ارتباطی با پاسخهای خود ایمنی داشته باشد. چیزهائی مثل یك ویروس ممكن است باعث تحریك سیستم ایمنی شده و بدن را وادار به تولید پادتنهائی كند كه به اشتباه به عناصر خودی بدن حمله می كنند، در بیماری MS این پادتنها به میلین ( Myelin ) كه پوشش اعصاب می باشد حمله كرده و آنها را نابود می كنند. میلین باعث می شود كه پیامهای عصبی به سرعت در طول عصب منتقل شود. حال اگر این ماده تخریب شود بر روی عصب نقاطی بدون میلین بنام پلاك بوجود می آید و با گسترش این پلاكها انتقال پیام عصبی در طول عصب كند شده و یا با مشكل مواجه می شود كه خود باعث بروز علائم بیماری MS می شود.